Truyền thuyết kể lại rằng, "Cơn Đại Diệt Vong" đã từng xuất hiện trong quá khứ, hủy diệt mọi sự sống ở một vùng rừng Kalos.
Cơn Đại Diệt Vong được gây ra bởi Yveltal, Pokemon Hủy Diệt có khả năng tước đi mọi sự sống của các sinh vật. Sau khi hủy diệt mọi thứ, Yveltal chuyển mình thành "Chiếc kén hủy diệt" và ngủ yên cho đến tận ngày nay.
Nhưng, có một Pokemon có thể chống lại được sức mạnh của Yveltal, đó chính là Xerneas, Pokmeon Sự Sống.
Dưới lòng đất, có một bộ tộc của các Pokemon Đá Quý Melecie sinh sống và phát triển thịnh vượng. Và bên trong bộ tộc này, có một "Viên Kim Cương Thánh" tỏa sáng và cung cấp năng lượng cho toàn bộ tộc.
Theo thời gian, ánh sáng của Kim Cương Thánh dần bị lu mờ, dẫn đến năng lượng cung cấp cho cả bộ tộc bị suy giảm. Chỉ có một mình công chúa Diancie của bộ tộc này là có thể tạo ra một viên kim cương khác để thay thế, kéo dài sự tồn tại cho bộ tộc. Tuy nhiên, cô vẫn chưa có được sức mạnh thực sự để làm được điều đó. Nhưng Fairy Aura của Xerneas có thể đánh thức được sức mạnh tiềm ẩn của cô.
Trên đường đi tìm Xerneas, Diacie đã gặp nhóm của Satoshi, và kể từ đó, họ du hành cùng nhau để đi tìm Pokemon huyền thoại.
Nhưng những kẻ xấu luôn rình rập cơ hội để bắt lấy Diancie, độc chiến kim cương của công chúa. Nữ trộm Marilyn Flame, ninja Riot, ngay cả nhóm Rocket cũng chựt chờ để bắt lầy công chúa!
Số phận dẫn đưa, họ đã gặp Xerneas tại rừng Alearth, nơi khi xưa Cơn Đại Diệt Vong đã diễn ra...
